Năm 2009 là một năm thành công trên mọi phương diện của MISA với mức tăng trưởng đạt 90% so với năm 2008. Vượt qua những khó khăn chung của nền kinh tế, số lượng khách hàng của MISA tăng trưởng không ngừng với hơn 40.000 khách hàng trải rộng từ các Doanh nghiệp đến từng đơn vị HCSN trên toàn quốc. Phần mềm MISA phổ biến từ các doanh nghiệp tại những đô thị lớn như Hà Nội, Tp.Hồ Chí Minh, Cần Thơ, Đà Nẵng, Hải Phòng... tới những xã/phường của các tỉnh thành xa xôi như Ngọc Hiển - Cà Mau, Mù Cang Chải – Yên Bái... Hệ thống tư vấn và hỗ trợ khách hàng được triển khai rộng rãi tại các VP đại diện của MISA trên toàn quốc, giải quyết kịp thời những vướng mắc của khách hàng. Song song với hoạt động kinh doanh, MISA cũng đi sâu vào hỗ trợ, chuyển giao phần mềm cho hơn 300 trường ĐH, CĐ, THCN... Đây chính là những căn cứ thuyết phục để BTC Việt Nam ICT Award quyết định tôn vinh MISA là Doanh nghiệp làm phần mềm và dịch vụ nội địa tốt nhất Việt Nam 2009.

Nhận xét về quá trình chấm giải, ông Đỗ Xuân Thọ, Chủ tịch Hội Tin học Việt Nam cho biết: "Về việc bình xét giải, khó khăn nhất là lĩnh vực công nghiệp CNTT. Lĩnh vực CNTT khó vì có nhiều đơn vị tham gia, hơn nữa là có nhiều yếu tố khiến các thành viên Hội đồng tranh luận, cân nhắc lên xuống. Ví dụ như ở Giải doanh nghiệp làm dịch vụ và phần mềm nội địa xuất sắc nhất, các thành viên Hội đồng Chung khảo đã tranh luận rất nhiều. Bởi ngoài tiêu chí doanh thu, nhân lực, lợi nhuận, giải này còn xét đến nỗ lực của doanh nghiệp với việc sáng tạo sản phẩm". 
Đây là một vinh dự lớn cho MISA, ghi nhận những cố gắng vượt qua khó khăn để phát triển của toàn thể cán bộ và nhân viên của MISA trên toàn quốc. Đồng thời, với giải thưởng này, phần mềm MISA được đóng thêm một dấu đỏ uy tín về thương hiệu – thương hiệu phần mềm và dịch vụ tốt nhất Việt Nam!