Đối với giao dịch với các tổ chức, cá nhân ngoài xã hội như doanh nghiệp, người nộp thuế… thì sử dụng chứng thực chữ ký số công cộng (đã quy định tại Nghị định số 26/2007/NĐ-CP ngày 15-2-2007 và Nghị định số 27/2007/NĐ-CP ngày 23-2-2007 của Chính phủ); Đối với giao dịch nội bộ giữa các đơn vị thuộc Bộ Tài chính, hoặc trong cùng hệ thống, giao dịch giữa các cơ quan thu với các ngân hàng thương mại thì sử dụng hệ  thống chứng thực chuyên dùng Chính phủ và chứng thư số do Ban Cơ yếu Chính phủ (Bộ Nội vụ) cung cấp. Đối với các hệ thống chứng thực nội bộ đã hoặc đang thiết lập chưa theo định hướng trên, không mở rộng tiếp mà duy trì phạm vi như hiện nay và tiến hành chuyển đổi dần theo định hướng này sau khi hệ thống chứng thực công cộng và chuyên dùng sẵn sàng đưa vào sử dụng.   

Cục Tin học - Thống kê tài chính làm việc với các đơn vị liên quan của Bộ Thông tin - Truyền thông và Bộ Nội vụ, đảm bảo các dịch vụ chứng thực chữ ký số công cộng và chuyên dùng Chính phủ sẵn sàng sử dụng đối với các đơn vị của Bộ Tài chính trong quý III-2009; đồng thời, chuẩn bị phương án ký kết giữa Bộ Tài chính và các nhà cung cấp chứng thực công cộng, giữa Bộ Tài chính và Bộ Nội vụ về đảm bảo chất lượng dịch vụ chứng thực khi cung cấp tới các đơn vị thuộc Bộ Tài chính. Cục Tin học - Thống kê tài chính chủ trì phối hợp với các đơn vị thuộc Bộ lập danh sách các ứng dụng, giao dịch, các loại văn bản nội bộ giữa các đơn vị thuộc Bộ Tài chính và với các cơ quan tài chính địa phương có thể triển khai áp dụng chữ ký số năm 2009-2010 và kế hoạch triển khai, báo cáo Bộ trong tháng 7-2009; hỗ trợ, đôn đốc các đơn vị trong việc áp dụng chữ ký số và chứng thực chữ ký số.

Tổng cục Thuế triển khai áp dụng chữ ký số cho hệ thống nộp tờ khai thuế qua mạng internet, báo cáo, đánh giá kết quả ngay sau khi hoàn thành thí điểm tại một Cục Thuế để phổ biến kinh nghiệm cho các đơn vị khác thuộc Bộ. Tổng cục Hải quan nghiên cứu, đề xuất cụ thể kế hoạch triển khai áp dụng chữ ký số vào hoạt động hải quan điện tử (thí điểm và đại trà), báo cáo Bộ trong tháng 7-2009.